يتوفر في القسم برنامجان لدراسة الدكتوراه، يركز فيهما بعمق على دراسة التاريخ والحضارة بدءاً من ظهور الإسلام حتى التاريخ المعاصر، والدراسة فيهما أيضاً بأسلوب المقررات الدراسية والرسالة لنيل الدرجة العلمية حيث يدرس الطالب ستة فصول دراسية كحد أدنى.
عدد الوحدات المقررة للحصول على درجة الدكتوراه الفلسفة في التاريخ الإسلامي أو درجة الدكتوراه الفلسفة التاريخ الحديث (45) وحدة كلها إجبارية، منها (15) وحدة مقررات دراسية يدرسها الطالب خلال فصلين دراسيين، حيث يدرس في الفصل الأول (9) وحدات، وفي الفصل الثاني (6) وحدات. وبقية الوحدات مخصصة للرسالة.
لا يمنح الطالب درجة الدكتوراه إلا بعد أن يجتاز الاختبار الشامل بشقيه الشفوي والتحريري.
